Laboratorij Odjela za okoliš ovlašten je za ispitivanje otpadnih voda od Uprave gospodarenja vodama prema objavi popisa ovlaštenih laboratorija (NN 147/09) i Rješenju Ministarstva poljoprivrede, šumarstva i vodnoga gospodarstva.

Fizikalno-kemijski i mikrobiološki parametri koji se prema rješenju ispituju:

- temperatura recipijenta i efluenta

- pH

- ukupna suspendirana tvar

- kemijska potrošnja kisika - KPK

- biološka potrošnja kisika – BPK₅

- ukupni fosfor

- ortofosfati

- ukupni dušik

- amonijak

- nitrati

- nitriti

- kloridi

- električna vodljivost

- anionski tenzidi

- ukupna ulja

- mineralna ulja

- ukupni koliformi

- fekalni koliformi

- E.coli

- Fekalni streptokok

- Sallmonella sp.

Pokazatelji za koje laboratorij nije ovlašten ispituju se u Hrvatskom zavodu za javno zdravstvo.