Mikroorganizmi  (npr. bakterije, virusi, parasiti itd.) koji uzrokuju bolest kod ljudi zovu se patogeni mikroorganizmi. Primjer su bakterije salmonela i streptokok te virusi gripe. Neki mikroorganizmi uzrokuju bolest samo kod pada imuniteta kao što je pseudomonas, a neki mikroorganizmi su čak i korisni ljudima poput bakterija koje se prirodno nalaze u debelom crijevu (nepatogeni mikroorganizmi).